기업연구소 및 연구개발전담부서 보유기업은 연구개발을 위해 지출한 연구비에 대해 R&D조세지원 혜택을 받을 수 있다.
R&D조세지원의 대표적인 제도로는 총 발생연구비의 일정비율을 법인세(소득세)에서 공제받는 연구·인력개발비 세액공제(조세특례제한법 제10조), 연구소·전담부서 설비투자 금액의 일정비율을 법인세(소득세)에서 공제해주는 연구·인력개발 설비 투자 세액공제(조세특례제한법 제25조), 기업연구소용으로 부동산을 구매했을 경우 발생하는 취득세와 재산세를 일부 감면해 주는 기업연구소용 부동산 지방세 감면(지방세특례제한법 제46조) 등이 있다(표 1).
최근 정부는 ‘조세특례제한법’ 등이 포함된 세법 개정안을 발표했다.
관련해서 R&D조세지원제도를 활용 시 기업이 참고해야 할 주요 개정사항은 다음과 같다.
2020년 과세연도분부터 기업이 연구·인력개발비 세액공제를 신청할 시에는 세액공제신청서 등과 함께 연구과제 총괄표를 제출하여야 하며, 총괄표에 작성한 과제명에 맞춘 연구계획서와 보고서, 연구노트(신성장동력·원천기술 분야만)를 5년간 작성·보관해야 한다.
관련 서식은 ‘조세특례제한법 시행규칙’ 별지 제3호와 제3호의2에서 확인할 수 있으며, 작성방법은 별지 내 작성요령을 참고하여야 한다.
연구·인력개발비 세액공제는 일반 분야와 신성장동력·원천기술 분야로 나뉘는데, 후자의 경우 기업은 더 높은 세액공제율을 적용받을 수 있다.
신성장동력·원천기술은 ‘조세특례제한법 시행령’ 별표 7에 그 해당 기술범위에 대해 명시하고 있다.
이번 세법 개정안에는 해당 기술이 기존 11개 분야 173개 기술에서 소재·부품·장비 관련 주요 기술을 중심으로 12개 분야 223개 기술로 범위가 확대되었다.
또한 동 분야의 세액공제 이월공제 기간 또한 현행 5년에서 최대 10년으로 연장되었다.
더불어 연구·인력개발비 세액공제에서 과학기술 분야만 적용 가능했던 공동·위탁 연구개발비는 과학기술과 결합된 서비스의 공동·위탁 연구개발비까지 적용범위가 확대되었다.
기업연구소·전담부서의 세액공제 배제 시점에도 변경사항이 있다.
기존에는 인정취소일부터 R&D세액공제가 배제되었으나, 올해부터는 인정취소사유에 따라 R&D세액공제 배제 시점이 차등 적용된다.
배제 사유와 그에 따른 배제 시점은 다음 세 가지로 분류된다.
‘거짓·부정한 방법으로 인정받은 경우’는 인정일이 속하는 과세연도 개시일부터, ‘인정기준 및 준수사항을 위반한 경우’는 인정취소일이 속하는 과세연도 개시일부터, 마지막으로 기업이 자진취소를 진행한 경우는 인정취소일부터 R&D세액공제가 배제된다(표 2).
연구소·전담부서 인정기준과 준수사항 등을 법령을 통해 미리 확인하고 숙지할 필요가 있다.
기업연구소 연구공간과 관련한 세제혜택인 기업 연구소용 부동산 지방세 감면은 2022년까지 일몰이 연장되었다.
본 제도는 기업연구소용으로 취득한 부동산에 대해 취득세와 제산세를 일부 감면받을 수 있는 것으로, 기업유형별 공제율 등은 변경 없이 그대로 적용된다.
단, 신성장동력·원천기술 분야 대상 기술을 행하는 연구소용 부동산의 경우, 연구소 인정일부터 3년 이내에 산업부에서 운영하는 신성장동력·원천 기술 사전심의위원회에서 연구소에 진행하는 기술개발이 ‘조세특례제한법 시행령’ 별표 7의 대상기술임을 확인받은 경우 현 공제율(취득세 60%, 재산세 50%, 대·중견기업은 각각 35%)에서 10% 추가공제를 받을 수 있다.